PyMOL 2.2.2官方正式版三维分子模型软件

PyMOL是一款专业的三维分子模型软件。对于需要进行三维分子模型生成的设计师来说这款PyMOL是一个好用的辅助软件。软件旨在为您提供全面的分子可视化系统。使用其集成的光线跟踪图形技术，它可以渲染具有更平滑的表面边界，增强的阴影和反射的3D分子结构。PyMOL主界面非常直观，这使其甚至适合初学者。 PyMOL支持多种图像格式，包括PDB，SDF和电子密度图。渲染的图像和电影可以保存在会话文件中，您可以与其他人共享它们而不必担心对象布局的更改。通常，PyMOL为您提供用于生成和查看3D分子模型的完整解决方案。有需要的朋友可以立即下载！

安装方式：

1.下载并解压缩该软件，双击安装程序以进入PyMOL安装向导，然后单击[下一步]。

2.阅读许可协议，然后单击[我同意]按钮以同意并继续进行下一个安装。

3.选择安装类型，用户可以选择仅针对个人和计算机下的所有用户进行安装。

4.选择安装位置。用户可以选择默认的C：\ Users \ CS \ PyMOL，也可以对其进行自定义。

5.高级安装，您可以根据需要选择其他安装选项。

6.开始安装，然后用户等待直到安装完成。

7. PyMOL安装向导完成。

软件特色：

该应用程序随附用于创建分子动画和电影的所有必要工具。可以旋转相机以更改视角，内置的名为RigiMOL的动画工具包括一组功能，可以在不同结构之间生成分子形式。

自定义帧速率，自动插值，循环和光线跟踪成帧，图像帧缓冲以及慢动作模拟是此应用程序的其他优点。

生成可以将生成的PyMOL结构导出到VRML（虚拟现实标记语言），从而允许您使用第三方应用程序创建矢量图形或使用3D打印机创建打印模型。

PyMOL可以使用各种图像表示方法显示分子数据。您可以选择顺序模式，立体声模式，前视图，强调按键连接性的线条等。

该程序具有可自定义的颜色，结构化标签，可调整的对象透明度，输出和控件大小，自动缩放，文本覆盖以及可自定义的鼠标控件。内置向导可帮助您测量结构，将其配对，添加标签等。

凭借其先进的渲染功能和电影生成工具，PyMOL是显示复杂分子结构和生成实时3D演示文稿的必不可少的工具。

使用说明：

1.运行PyMO，然后进入软件主界面，如下所示。

2.在编辑菜单中，提供了各种功能，例如撤消，重做，撤消/重做最大原子数和自动图像复制。

3，在build列下提供了多种功能，例如反向（pk2）-（pk1）-（pk3），创建键（pk1）-（pk2），删除（pk1）。

4.在“电影”列中，它提供诸如帧率，自动插值，循环帧，光线跟踪帧，高速缓存帧图像，清除图像高速缓存等功能。

5.显示模式支持顺序模式，内部GUI，内部提示，内部反馈，立体声，立体声模式，缩放，色彩空间等。

6.在设置下，提供了PDB文件加载，mmCIF文件加载，地图文件加载，新对象的自动缩放，显示文本（Esc），重叠文本和其他功能。

7，场景栏下提供了附加，插入前，插入后，更新数据，删除等功能。

8.在鼠标列中，

用户可以选择模式。

变更记录：

特征：

MAMAE导出具有基本样式（颜色，表示形式，标签）

具有组层次结构的MAE导出

核酸诱变指南

功能（仅奖励PyMOL）：

具有属性的MAE导出

使用RDKit或$ SCHRODINGER后端进行立体化学（“立体”）标记（外部依赖项）

接口：

在对象菜单中分组：A>组> ...

更新从序列查看器更新二级结构：右键单击> ss> ...

Atom右键单击>“对象”>“禁用其他”

API：

每个链的Cmcmd.get_fastastr（）

Cmd.get_fastastr（）用于核酸

运行时（conda程序包）：

Anaconda 5.0.0构建环境

适用于所有平台（Windows，Linux，macOS-64位）的Python 2.7和3.6

开源PyMOL更新：

将代码存储库移至github

从Inentive PyMOL移植的图形着色器和相关代码：

改进的标签：多行支持，背景色，连接器（各种label_ *设置）

支持背景图片（bg_image_filename）

订单无关的透明度（透明模式3）

修复stick_ball设置

修复了某些低端图形驱动程序的“行”崩溃

错误修复：

使用双通配符（A * B * C）选择

APBS插件：4位坐标处理（例如x> = 1000.0）

SDF导出：不要写零序债券

的立体声浮雕立体声在批处理模式下

All_states =状态之间的距离测量

软件功能：

借助此分子可视化系统，您可以在3D模式下对蛋白质，蛋白质的密度，轨迹和表面进行详细的分析

原生视网膜分辨率/ 4k显示支持

停靠/取消停靠并重新排列某些面板（生成器，反馈浏览器，音量编辑器）

支持触控板手势（放大/缩小，z旋转）

专用用于打开MAE文件，MTZ文件，地图和跟踪文件的特殊对话框

新的APBS插件面板

Pymolrc脚本编辑器，突出显示语法

属性编辑器

MPEG-4和GIF电影导出面板

Excel导出器插件（Windows和Mac）

通过从文件浏览器拖动到PyMOL窗口来打开文件

组合线/非粘结线和棒/线和甘草图别名的球形