OVITO软件 V3.4.5 官方版分子动力学模拟工具

OVITO软件(分子动力学模拟工具)是一款十分优秀好用的分子动力学模拟助手。小编带来的这款OVITO软件功能强大全面，使用后可以帮助用户轻松进行分子动力学模拟，非常方便实用。软件能够帮助用户轻松进行各种分子动力的模拟，为研究分子之间的运动提供了帮助。软件操作操作简单便捷，很适合需要研究分子动力学的用户，满足用户的各种分子运动研究需求。欢迎有需要的朋友来下载使用。

使用教程：

【如何利用 OVITO找弗伦克尔缺陷】

利用 OVITO 找弗伦克尔缺陷对需要准备两个文件：一个是结构演化前的坐标文件，一个是结构演化过程的坐标文件（这个是利用 LAMMPS 的 dump 命令进行输出）。以我上次最后给出的演化示意图的制作为例，一共用到了 OVITO 的十个功能，我在下方图中标了出来。具体操作过程如下：

将演化过程的文件导入 OVITO 软件后，选取下图2中标注 1 处（Filecontains time series），告诉 OVITO 该文件是个演化过程文件，随后选择下图中标注 2  处（Add modification），这里面几乎包含了 OVITO 软件的所有功能，有兴趣的同学可以去探索一下。在图2 中标注 2 处里面找到并选取 Wigner - Seitz defect analysis (这也是 NC 文章中所提到的缺陷分析方法)；

接着点击下图 标注 5 处导入演化前的结构文件。然后会在图3 中标注 6 处发现软件告诉你找到几个空位和几个间隙子（一般情况下这两个值是相等的），继续点击图3 中标注 7 处（播放键），OVITO 便会自动统计演化过程中每个时刻产生的空位数目和间隙子数目。

但是，NC 文章中的演化图中只有空位和间隙子，并不是 Fe 原子 ~，继续选取 Add modification 处，找到里面的 Expression select（图4 中标注 8 处），选取后 OVITO 会给你一个方框，在里面填写 Occupancy==1 (这是告诉 OVITO 让它将没有离开晶格位置的 Fe 原子都选中)，然后在 2 处选择 Delete selected particles（图中标注 9 处），让 OVITO 将这些 Fe 原子都删掉，这样就只剩下空位和间隙子了，接着再次重复一下 Expression select 这个过程，选取 Occupancy == 2 或者 0 (这是告诉 OVITO 让它将间隙子或者空位都选中)，然后在 Add modification 中找到 Assign color（图4中标注 10 处），给选中的空位或者间隙子赋予自己喜欢的颜色，随后再次点击播放键，OVITO 将为你展示完整的缺陷演化过程。至于图2 中标注 3，4 这两个地方，一个是输出演化过程视频文件，一个是输出单张图片。

【如何利用 OVITO 做类似 NC 文章中的位错环分析】

由于本人重复 NC 文章级联碰撞过程使用的体系很小，所以根本形成不了位错环，因此很干脆的在 Fe 当中手动的建了一个位错环，这里再给各位安利一个建模软件，Atomsk，一款金属材料界建模利器（多晶，晶界，位错以及界面等等），有兴趣的同学可以百度一下，以下是用 OVITO 展示了我用 Atomsk 建的一个 Fe 的位错环（导入坐标文件后直接在 Add modification 中选取 Dislocation analysis（DXA）即可）：

可以看到 OVITO 不仅帮忙找出了位错环，而且还能帮忙指出了几个位错环，各个位错环的长度以及其伯格斯矢量（对应 NC 文章的 fig.3）。